国宝。徳川家光の寄進により寛永10年（1633年）に再建されたもの。「清水の舞台」とも呼ばれる。屋根は寄棟造、檜皮葺きで、正面（南面）左右に入母屋造の翼廊が突き出し、外観に変化を与えている。建物の前半部分は山の斜面にせり出すようにして建てられ、多くの長大な柱（139本という）が「舞台」と呼ばれるせり出し部分を支えている（釘は使われていない）。
このような構造を「懸造（かけづくり）」、あるいは「舞台造」と言い、観音菩薩は補陀洛山（ふだらくさん）に現われるという『法華経』「観世音菩薩普門品」（観音経）の所説に基づくものである。なお、同じく観音霊場である長谷寺や石山寺の本堂も同様の「懸造」である。
内々陣には、3基の厨子が置かれ、中央の厨子には本尊の千手観音立像、向かって右の厨子には毘沙門天立像、左の厨子には地蔵菩薩立像をそれぞれ安置する。三尊とも秘仏である。本尊厨子の左右には千手観音の眷属である二十八部衆像を安置し、内々陣左右端には風神・雷神像が安置される。
